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主要有两种方式：
第一种方式：一年提取一次。偿还住房公积金贷款本息的，每年可提取一次，也可申请办理委托提取住房公积金业务，同时提供提取人的身份证及婚姻状况等相关证明；偿还自住房商业性贷款和其他地区等住房公积金贷款本息的，须提供住房借款合同和贷款银行出具的已还贷本息清单及现实贷款余额。
第二种方式：按年划转。因偿还商业住房贷款本息，向公积金中心申请，经公积金中心审核同意后，按需授权银行向公积金中心提供申请人每月实际还款金额，按年核定申请人的住房公积金，并转账支付到申请人还款账户。
具体的操作程序各地有所差异，可向缴纳公积金的公积金中心咨询和办理。