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要分开的。
商铺和住宅不一样，费用标准不一样，所以在成本上商铺和住宅是需要分开结算的，不然会造成数据不准，使成本变高。
商业的成本一般会比住宅的高一些，如果要分开算单位成本，必须提供相关依据，分别核算，不能简单的直接按1.5的比例。除非商业和住宅是分别的建安合同，否则税务是不认的，都会让平均分摊。
再出售房屋，就是属于二手房交易。
二手房交易需要交纳的税费主要有：
1、
契税：一般是房款的1%
（面积在90平米以下并且是首套房的可以缴纳1%，面积在90平以上144平以下缴纳1.5%，面积在144平米以上的需要缴纳4%）;
2、
营业税：房产证未满5年的交5.6%，产证满五年可以免交营业税;
3、
个人所得税，1%（房产证满5年并且是唯一住房的可以免除）;
4、交易费：3元/平方米（但是一般需要买房人把双方的交易费都交了，也就是6元每平米）;
5、
测绘费：按各区具体规定;
6、
权属登记费及取证费：一般情况是在200元内。
二手房计税基数是以房屋评估价，首套房是根据卖家是否首套房。